Nhà thờ Hồi giáo Wazir Khan được xây dựng vào năm 1634 bởi Shaikh Ilm-ud-din Ansari, Phó vương của Punjab dưới thời Shah Jahan. Ansari xuất thân khiêm tốn ở thị trấn Chiniot ở quận Jhang của Punjab. Anh học y khoa dưới thời Hakim Dawi và được triều đình Mughal thuê làm bác sĩ riêng của Hoàng tử Kuram, tương lai Shah Jehan. Vị hoàng tử trẻ tuổi đã được Ansari đánh giá cao năng lực của mình đến nỗi ông đã trao cho anh ta danh hiệu Wazir Khan vào năm 1620. Wazir là một tước hiệu có nghĩa là “Bộ trưởng” trong tiếng Urdu.
Wazir Khan chiếm được một vùng đất rộng lớn ở Lahore được bao bọc bởi Cổng Delhi ở phía đông và Pháo đài Lahore ở phía tây. Ông đã thành lập nhà thờ Hồi giáo hiện mang tên mình trên khu vực lăng mộ của Syed Muhammed Ishaq (còn được gọi là Miran Badshah), một vị thánh đã di cư từ Iran vào thế kỷ 13. Wazir Khan cũng thành lập một nhà tắm (Shahi Hammam) và các cơ sở thương mại khác dọc theo con đường dẫn đến nhà thờ Hồi giáo với thu nhập nhằm đảm bảo duy trì nhà thờ Hồi giáo vĩnh viễn. Mặc dù nhà tắm không mang lại nhiều thu nhập như dự định, nhưng khu chợ ở phía đông của nhà thờ Hồi giáo đã khá thành công và vẫn là một thị trường hưng thịnh cho đến tận ngày nay.
Đặc điểm kiến trúc khác biệt của nhà thờ Hồi giáo là việc sử dụng các tháp ở bốn góc của nó – lần đầu tiên một thiết kế như vậy được sử dụng ở Lahore. Sảnh cầu nguyện theo mô-típ một lối đi năm vịnh, lần đầu tiên được thành lập ở Lahore một thế hệ trước đó tại Nhà thờ Hồi giáo Maryam Zamani, sau này được tìm thấy đầy đủ biểu hiện của nó trong Nhà thờ Hồi giáo Badshahi do Hoàng đế Aurangzeb xây dựng nửa thế kỷ sau đó. Phần lớn nhà thờ Hồi giáo được xây dựng bằng gạch cắt và trang trí bằng các bức tranh ghép bằng gạch tráng men.
Một đặc điểm gây tò mò của nhà thờ Hồi giáo là sự kết hợp của 22 cửa hàng vào kế hoạch mặt bằng của nó. Nằm ở hai bên của sảnh vào, những cửa hàng này tạo thành một khu chợ với lối đi lát gạch ở giữa. Khu thương mại này kéo dài về phía đông vượt ra ngoài nhà thờ Hồi giáo đến Chowk Wazir Khan (Quảng trường Wazir Khan), nơi vẫn là một khu thương mại sôi động cho đến ngày nay.
